Aizanoi Agorası (çarşı/pazar yeri), Zeus Tapınağı’nın hemen doğusunda, bu tapınak ile Penkalas Çayı arasındaki düzlükte yer almaktadır. Günümüze kadar yapılan kazılarda Agora’nın mermer döşemeli avlusunun etrafında güney ve doğu kısımlarda birer stoa (önünde sütunlu revaklar içeren dükkanlardan oluşan yapı), batı kısımda ise bir portiko (sütunlu revak) olduğu tespit edilmiştir. Avlunun kuzeyinde ise henüz kazı çalışması yapılmamıştır.

     Dörtgen planlı Agora avlusunun doğu-batı aksta ölçüsü 97,38 m’dir. Avlunun kuzey sınırı henüz belirlenemediği için kuzey-güney ölçüsü tam olarak bilinmemektedir. Avlunun güneyindeki stoa’nın yan yana sıralanmış dükkânlarının önünde yaklaşık 12 m derinliğe sahip büyük bir portikosu vardır. Buradaki dükkanlardan dört tanesinde kazı çalışması yapılabilmiştir. Bunlardan en dikkat çekeni güney stoanın batı köşesinde yer alan dükkandır. İç ölçüleri 6.51x7.40 m olan bu dükkânda uzunluk ölçüsü birimi olarak 29,6 cm’lik İon ayağı kullanılmıştır ve mekânın içi 22x25 ayak ölçülerinde tasarlanmıştır. Dükkânın, eşik taşı ve önündeki iki basamağı korunmuş olup, 2.20 m genişliğindeki kapısı kuzeyde yer almaktadır. Dükkânın zemini, taban tuğlaları ile yapılmış bir döşemeye sahiptir. Döşemenin üzerinin açılması esnasında, çok sayıda pişmiş toprak kandil ele geçmiştir. MS 1. yüzyılın son çeyreğine tarihli bu kandillerin yanı sıra ele geçen MS 2. ve 3. yüzyıla tarihli sikkeler, dükkânın kullanım süreci hakkında bilgi vermektedir. Bu dükkânda kandil ve kandil ile ilişkili ürünlerin satışının yapıldığı anlaşılmaktadır. Kazılan diğer üç dükkân bu stoanın ortasında yer alır. Bu dükkanların kazılması esnasında sayıları bini aşan hayvan kemikleri ile karşılaşılmıştır. Bunlar; hammadde halinde hiç işlenmemiş, üretim artığı, yarı işlenmiş veya bazıları tamamen işlenerek birer esere dönüştürülmüş olan buluntulardır. Buradaki mekânların, kemik ürünler yapan ve satan hem atölye hem de dükkân olarak kullanıldığı anlaşılmaktadır.   

     Güney Stoa ve Batı Portiko’dan farklı olarak Doğu Stoa’da kaidesiz Dor sütunları kullanılmıştır. Agora avlusunun doğusunda bir Heroon (anıtsal mezar yapısı) yer alır. Yapının duvarlarında büyük boyutlu mermer bloklar kullanılmıştır.

     Agora avlusunun batısında yer alan portiko ise orta kısmındaki merdivenli bir Propylon (anıtsal kapı yapısı) ile iki kanada ayrılmıştır. Agora’dan, Zeus Tapınağı’na geçişi sağlayan Propylon’un kuzey-güney uzunluğu 30.78 m (104 ayak), açığa çıkarılan kısmında doğu-batı genişliği 14.55 m’dir. Mermer merdiven basamaklarının ilk üç sırası günümüze ulaşabilmiş olup, ikinci basamağın bir deprem sonucunda öne doğru kaydığı görülmektedir. Basamakların korunmadığı kısımlarda ise merdivenin temelini oluşturan duvarlar günümüze ulaşabilmiştir. Merdivenin yaklaşık olarak her 9-10 basamakta ortalama 2 m’lik sahanlık yapan, toplam 27-30 basamaklı bir merdiven olabileceği öngörülmektedir.

     Aizanoi Agorası’nın bulunduğu alana 19. ve 20. yüzyıllarda evler yapılmış ve Agora’ya ait sütunlar ve yazıtlar da dahil olmak üzere çeşitli mimari bloklar, bu evlerde ve bahçe duvarlarında devşirme malzeme olarak kullanılmıştır.